当大都的白雪覆盖了大城、萧墙和大内的时候，止贡寺却在烈火中焚烧。
止贡寺，本是吐蕃特十三万户里最大、人口最多也最富庶的一个。
有民谣唱到：“山皆止贡山，坝皆止贡坝。”
止贡噶举派也是最先与蒙古宗王结缘的吐蕃特佛教宗派之一。蒙哥合汗的时期，止贡噶举就与合汗结成了施主与福田的关系。忽必烈的六弟旭烈兀和七弟阿里不哥，也都供养止贡噶举为自己的上师。止贡噶举派的庞大与富庶，曾经使萨迦派都相形见绌。当时的萨迦派，只得到了忽必烈一位宗王的供养。既便是在忽必烈成为合汗，奉八思巴为帝师与大宝法王并赐予玉印后，止贡派与旭烈兀后裔之间的供施关系仍然没有结束，伊尔汗理所当然的将止贡万户当做自己的食邑看待。
八思巴在吐蕃特进行括户的时候，在前后乌斯藏立十三个万户。打压止贡派便是顺理成章的事了。这其中，最明显的举动便是把羊卓从止贡万户中割了出来，以及从帕竹派手中夺取了阿里。止贡噶举是从帕竹噶举中分离出来的，两个教派之间有着千丝万缕的血缘和利益联结，一损俱损，一荣共荣。从此就与萨迦派结下了冤仇。
自此后，一连三年，止贡派都在派人到大都告御状。而萨迦派，也排出萨迦本钦释迦桑布、萨迦格西仁钦尊追、萨迦仁波切顿楚三人，亲自扛着木枷，徒步千里，往大都和止贡派打官司。忽必烈自然不支持止贡派。想当初，当年止贡官员依仗蒙哥合汗的支持，可不是一般的飞扬跋扈。那个用萨迦寺铜海饮自己的马匹的多吉贝，争论时吐沫都喷到了忽必烈的脸上。但作为帝国的统治者，忽必烈不允许自己露出对某一教派太过明显的偏爱。对于止贡派，采取了和稀泥的方式。虽然羊卓并没有还给止贡万户，但是又割了辖恰、达、工布三个地方给止贡寺，算是勉强平息了双方争端。
八思巴因为长时间在大都侍奉合汗，所以地方上俗务都交给萨迦本钦处理。另外，八思巴之弟恰那多吉，受封为白兰王。忽必烈让他娶了阔端的女儿墨卡顿为妻，墨卡顿生下儿子达玛巴拉若乞达，达玛巴拉若乞达曾经往大都，为八思巴建造水晶塔与大佛殿。这个孩子居住于大都时，住所在法源寺。忽必烈又为达玛巴拉若乞达娶了两个妻子，其中一位是阔端的孙女、诸王启必帖木儿的女儿贝丹公主，另一位叫觉莫达本，也是权贵之女。
然而就在这个隆冬的时节，萨迦派内部爆发了贡嘎桑布之乱。新任萨迦本钦和帝师有隙，企图自立。而止贡派又舔新乱，他们企图引伊尔汗国兵进入吐蕃特。八思巴独坐大都，如身陷火宅，为平息前后乌斯藏之乱，他不得不返回自己出生的地方。
平乱是血腥而暴虐的。忠于八思巴的萨迦寺僧兵，包围了本钦贡嘎桑布的田庄，将背叛者拖出来乱刃分尸。然后一把火焚毁了本钦的庄园。而驻守在四川与吐蕃特交界之地的元朝朵斯麻万户府，在八思巴任命的新任本钦阿迦伦带领下，调兵七万杀入止贡寺，止贡寺毁于大火，被杀僧俗人等多达万余。止贡寺法座多吉意希带着仅十一岁的止贡居尼仁波切多吉仁钦逃到工布的绒波地方后，就不知所踪。而止贡寺苦盼的伊尔汗国援兵，则被一场传说中罕见的大暴雪，埋葬在阿里以西一个不知名的高地上。
也许，这援兵从来就没有出发过。旭烈兀和俺巴海相继死去，阿鲁浑继位后，波斯佛教最后的火焰熄灭了。
平息叛乱后的八思巴为安抚诸噶举派的僧俗，决心往羊卓雍错湖朝圣，并拜访桑顶寺香巴噶举女活佛桑顶.多吉帕姆.曲吉卓美。历代桑顶.多吉帕姆被认为是产生了诸佛的大佛母金刚亥母的化身。
桑顶寺，位于山南亚卓村羊卓雍错湖西南的山顶上。是香巴噶举的祖寺，由香巴噶举派初祖琼波南交的后辈兴建。是传说中的空行母们的聚集地。汉语意为“如愿法台”。曲吉卓美是桑顶寺第一任堪布，驻锡此地。寺中供奉着羊卓万户长出资修造的博东.乔列南杰像和唐东杰布赐奉的蛇心檀香木瑜伽母像。这个以贡塘公主为始的世系，是乌斯藏最著名的尼僧转世传承。
曲吉卓美是阿里积德尼玛贡王的公主。父名赤拉旺坚参，母名多德杰姆。她在布东巴.巧莱朗杰膝下削发为尼，起法名为贡却杰姆。根据传说，她是被一个鼻子上带有海螺环的黑面神幻人引荐给喇嘛仁松贡布的，然后她在仁松贡布的寺院里说法六年。此后她又去往中部地区并在那里受到国王扎巴坚参的供养与礼赞。国王把收藏于其宝库中的卡卓益西措杰的头发、玉石耳环及其他装饰物品都拿出来给她，并说道：“现在我要物归其主，为了众生，我愿您拥有它们，使它们变成福田的吉兆”。离开中部地区后，曲吉卓美来到了亚卓，在那里她受到了卓赤本.南卡坚参的欢迎并在此广传佛法。按照原先她从杂日朝圣结束后返回中部时在幻影中所出现的两位使者的启示，在此立脚驻锡。当她为驻锡地开光的时候，亲眼目睹了众空行母行云般地聚居于此，并与那位神幻人一道渗入于磐石之中。
桑顶.多吉帕姆.曲吉卓美以长达一个月的隆重“花露药丸炼丹”仪轨，迎接萨迦派的帝师。僧众们手捧名贵的香药、香丸向桑顶.多吉帕姆.曲吉卓美奉献。整座桑顶寺殿充斥着浓白朦胧的药烟香气。这种仪轨是香巴噶举女活佛一生只能够进行一次的仪轨。经过祝福的丹药可使人起死回生。
八思巴在桑顶寺盘桓数月，然后他去往雍布多寺、特灵曲得寺等寺院朝拜。
在雍布多寺，八思巴朝拜了密室中供奉的佛经。“雍布拉康”，位置在泽当镇不远处扎西次日山上。“雍布”意为“母鹿”，因扎西次日山形似母鹿而得名，“拉康”意为“神殿”。松赞干布时由宫殿改作寺庙。到第二十八代赞普拉妥妥日聂赞当政时，于水蛇年“雍布拉康王宫的宫顶上面，从空中降下来《百拜补证忏悔经》、《积达嘛呢法门》、《佛说大乘庄严宝王经心要六字真言》、金塔等。又从空中发出声音说：‘再传五代，将会知道这些经义’”。虔诚的信徒将这些还不能解读的经文藏入名为“宁波桑哇”的一间密室中。直到多年以后，终于有人能解读这些珍贵的经文，方才悟出佛典在很久以前就被降示给吐蕃特的人民。
在从特灵曲得寺拜访中返回的路上，八思巴和侍从们又一次的路过蓝宝石样澄清见底的羊卓雍错湖。“羊卓雍错”即“碧玉”之意。又因它汊口象珊瑚枝一般散开，所以又被称为“上面的珊瑚湖”。它与玛旁雍错和纳木错，并列三大圣湖。
他们抵达圣湖的那一日，正是初冬。大批的水生候鸟迁徙至此越冬。在湖岸与湖中十几个小岛上，天鹅、水鸽、黄鸭、鱼鹰以及斑头雁等鸣叫声起伏，拍打着翅膀起起落落。湖畔有虔诚礼佛的信徒按照顺时针方向转湖，每行一步，即叩一等身长头并口颂一遍六字大明陀罗尼。
八思巴抬眼望向天际，只见天空水虚、苍茫无涯，不知尽头何在。他又低头附身看那湖水，水质晶莹透明如七宝琉璃，在天空的映衬下湛蓝澄澈清冽无比。朵朵白云倒映在平静无波的大湖中，湖面宛如镜子反射一切自身却纹丝不动。
八思巴见此喃喃自语：“佛陀说人有不动心安驻于当下，心不动则业力自然消散，无业力即可跳脱轮回，脱离轮回即离一切苦。羊卓雍错湖水自身不动亦不移，却忠实的反照出天空中云朵流过的轨迹，不正是佛陀所教之法最好的注解么？”
八思巴轻叹一声，正要回身离去。却见明而静的湖面中映出一个影像。细看，乃是喜金刚本尊及明妃金刚无我母。金刚与明母在搂抱中脚踩无明与业力，并将脚下代表无明的黑色夜叉捻做齑粉。
八思巴长叹一声，自顾自的赞叹说：“勇父啊！勇母！诸佛由你们而生出，你们踏碎诸无明！我今天在这湖畔实实在在的亲证了。这里给我的显示，是让我不要再回去。”
四年后，至元十七年，四十六岁的八思巴圆寂于萨迦寺拉康拉章，追谥“皇天之下，一人之上，开教宣文辅治、大圣至德、普觉真智、佑国如意、大宝法王、西天佛子，大元帝师”之无上称号。为萨迦第五祖。嫡传弟子桑格、阿尼哥、沙罗巴等。